El interior del templo se compone de una capilla mayor cuadrangular terminada en ábside de tres paños entre contrafuertes, y un cuerpo de iglesia de tres naves con dos tramos, más un espacio a los pies de la nave central donde se sitúa un coro alto, formado por una riquísima tribuna de madera labrada de hechura renacentista. A los costados se sitúan la torre, con acceso por la nave meridional y en el lado opuesto la capilla del bautismo. A uno y otro lado de la capilla mayor se abren dos pequeñas habitaciones de planta rectangular; una de ellas a la derecha, hace las funciones de sacristía.
Piezas artísticas más destacadas:
Imagen de la Virgen de las Aguas del siglo XV
Cristo de la Columna siglo XVII
Santo Entierro. Siglo XVI.
Cuadro "La presentación del Niño Jesús en el Templo" de la escuela de Lucas Jordán. Finales del siglo XVII.
Artesonado del coro y órgano.
El artesanado del coro ha sido restaurado en el año 2008. Con la restauración se han descubierto los colores originales -rojos y anaranjados- del policromado, que han dado un nuevo realce a una de las piezas más importantes de la iglesia.
